DNA测序结果分析比对(实例)

将乐信息网 http://www.jianglexinxi.cn 2020-10-01 15:38 出处:网络
DNA测序结果分析比对(实例),ab1 从测序公司得到的一份DNA测序结果通常包含.seq格式的测序结果序列文本和.ab1格式的测序图两个文件,下面是一份测序结果的实例:CYP3A4-E1-1-1(E1B).ab1CYP3A4-E1-1-1(E1B).seq.seq文

DNA测序结果分析比对(实例),ab1

从测序公司得到的一份DNA测序结果通常包含.seq格式的测序结果序列文本和.ab1格式的测序图两个文件,下面是一份测序结果的实例:

CYP3A4-E1-1-1(E1B).ab1

CYP3A4-E1-1-1(E1B).seq
.seq文件可以用系统自带的记事本程序打开,.ab1文件需要用专门的软件打开。软件名称:Chromas

软件Chromas下载
.seq文件打开后如下图:

DNA测序结果分析比对(实例)

.ab1文件打开后如下图:

DNA测序结果分析比对(实例)

通常一份测序结果图由红、黑、绿和蓝色测序峰组成,代表不同的碱基序列。测序图的两端(下图原图的后半段被剪切掉了)大约50个碱基的测序图部分通常杂质的干扰较大,无法判读,这是正常现象。这也提醒我们在做引物设计 时,要避免将所研究的位点离PCR序列的两端太近 (通常要大于50个碱基距离),以免测序后难以分析比对。

DNA测序结果分析比对(实例)

我的课题是研究基因多态性的,因此下面要介绍的内容也主要以判读测序图中的等位基因突变位点 为主。
实际上,要在一份测序图中找到真正确实的等位基因多态位点并不是一件容易的事情。一般认为等位基因位点假如在测序图上出现像套叠的两个峰,就是杂合子位点 。实际比对后才知道,情况并非那么简单,下面测序图中标出的两个套峰 均不是杂合子位点 ,如图并说明如下:

DNA测序结果分析比对(实例)

说明:

第一组套峰 ,两峰的轴线并不在同一位置,左侧的T峰是干扰峰 ;第二组套峰 ,虽两峰轴线位置相同,但两峰的位置太靠近了,不是杂合子峰,蓝色的C峰是干扰峰 。通常的杂合子峰由一高一略低的两个轴线相同的峰组成,此处的序列被机器误判为“C”,实际的序列应为“A”,通常一个高大碱基峰的前面1~2个位点很容易产生一个相同碱基的干扰峰,峰的高度大约是高大碱基峰的1/2,离得越近受干扰越大。

一个摸索出来的规律是:主峰通常在干扰峰的右侧,干扰峰并不一定比主峰低 。最关键的一点是一定要拿疑似为杂合子峰的测序图位点与测序结果的文本序列和基因库中的比对结果相比较;一个位点的多个样本相比较;你得出的该位点的突变率与权威文献或数据库中的突变率相比较。

通常,对于一个疑似突变位点来说,即使是国际上权威组织大样本的测序结果中都没有报道的话,那么单纯通过测序结果就判定它是突变点,是并不严谨的,因一份 PCR产物中各个碱基的实际含量并不相同,很难避免不产生误差的。对于一个未知突变位点的发现,通常还需要用到更精确的酶切技术。

(责任编辑:大汉昆仑王)

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